Die Gründung der Priesterbruderschaft der Missionare des heiligen Karl Borromäus am 14. September 1985 als Vereinigung von Gläubigen geht auf eine Eingebung von Pater Massimo Camisasca zurück, der seitdem bis 2012 ihr Generaloberer war. Am Anfang hatte die Bruderschaft sieben Priester und zehn Seminaristen. In den frühen 80er Jahren bat Camisasca zusammen mit einer kleinen Gruppe von befreundeten Priestern Ugo Kardinal Poletti eine Priestervereinigung gründen zu können, um junge Menschen für die Mission auszubilden und auf den Auftrag zu antworten, den Johannes Paul II. im September 1984 Comunione e Liberazione (CL) anlässlich der Audienz zum 30. Jahrestag der Gründung der Bewegung gegeben hatte: „Geht in die ganze Welt“, sagte der Papst, „um die Wahrheit, die Schönheit und den Frieden zu bringen, die einem in Christus dem Erlöser begegnen.“

Es gibt viele Gründe, warum eine Bruderschaft, die ausdrücklich von der Person und dem Charisma Don Giussanis inspiriert ist, dem heiligen Karl Borromäus geweiht ist. Camisasca erklärt sie in dem Buch „Der Wind Gottes“ (Il vento di Dio, Verlag Piemme, 2007). Neben dem Bewusstsein des „liebevollen Schutzes durch den heiligen Karl“ und den Gemeinsamkeiten zwischen dem Mailänder Heiligen und Don Giussani („die Beständigkeit im Gebet, die unermüdliche missionarische Offenheit, die grenzenlose Leidenschaft für Christus und für die Menschen“, „das klar umrissene Temperament“) steht vor allem „die Idee, zu einer Reform der Kirche beizutragen“. Reform, erklärt Camisasca, bedeutet etwas Ähnliches wie das, was Joseph Kardinal Ratzinger als eine „Erneuerung“ definiert, „die vorwärts führt, eben weil sie lehrt in neuer Weise die bleibenden Werte zu leben, indem sie die Gesamtheit des christlichen Faktums und die Gesamtheit des Menschen gegenwärtig hält“.

Zusammen mit der Bruderschaft wurde das Priesterseminar aus der Taufe gehoben. Der erste Sitz befand sich in Rom, in der Via Liberiana, neben der Basilika Santa Maria Maggiore. Es handelte sich um ein ehemaliges Studentenwohnheim, das man le Cappellette (Kapellchen) nannte. Das Ausbildungshaus wurde die Brutstätte für die Form, die die Bruderschaft annehmen sollte; jene Gesten, die auch heute noch die Erziehungsmethode der Bruderschaft prägen: „die Liturgie, der Gesang, die Pflege des Studiums“, die monatliche Hausversammlung, die Präsenz an der Universität, die karitativen Werke, die Gastfreundschaft für Menschen, die nach Rom kommen. 1996 ist die Bruderschaft in die Via Boccea umgezogen, wo sie sich auch heute noch befindet. Im September 2003 sollte das Seminar für das lateinamerikanische Gebiet in Mexiko City eröffnen, das sich heute in Santiago de Chile befindet.

1989 wurde die Bruderschaft als Gesellschaft des apostolischen Lebens nach diözesanem Recht anerkannt. Die Neunziger Jahre waren auch die Zeit, als sich die Häuser der Bruderschaft in Italien und in der ganzen Welt auszubreiten begannen. Sie wurden bewohnt von drei oder mehr Priestern, die in Wohngemeinschaften im Geist und nach der Regel des Mutterhauses lebten. „Von Anfang an“, sagt Pater Massimo, „war die Idee der Mission eng mit der Idee einer Hausgemeinschaft verbunden.“ Obwohl viele ihn bitten, Priester einzeln zu entsenden, um auf eine größere Anzahl von Bedürfnissen einzugehen und als Bruderschaft in der Welt an mehr Orten präsent zu sein, befürwortet er dies nicht. „Ich war überzeugt von der Erfahrung der Memores Domini, die ich habe entstehen sehen, und, noch tiefer, von Don Giussanis Lehre über die Gemeinschaft als Wegbegleitung.“ Am 19. März 1999 erkannte Johannes Paul II. die Bruderschaft als eine Gesellschaft des apostolischen Lebens päpstlichen Rechts an.

Am 29. September 2012 ernannte Seine Heiligkeit Benedikt XVI. Msgr. Massimo Camisasca zum Bischof von Reggio Emilia-Guastalla. Am 1. Februar 2013 wählte die Generalversammlung Pater Paolo Sottopietra zum Generaloberen der Priesterbruderschaft der Missionare des heiligen Karl Borromäus