Die Missionarinnen des heiligen Karl Borromäus wurden aus dem Wunsch einiger junger Frauen geboren, die Ideale der Priesterbruderschaft zu teilen. 2005 zog Rachele Paiusco mit anderen Begleiterinnen nach Rom, um Pater Massimo Camisasca und Pater Paolo Sottopietra zu folgen. Das war der Beginn eines gemeinsamen Lebens, im dem regelmäßiges Gebet, Studium und Arbeit den Tagesrhythmus vorgeben.
Am 25. März 2007, am Fest der Verkündigung, wurde die kleine Gemeinschaft vom Bischof von Porto-Santa Rufina, Msgr. Gino Reali, als private Vereinigung von Gläubigen anerkannt. Während dieser Zeit wurden die Missionarinnen von Pater Paolo Sottopietra als Generaloberer geleitet. Ein paar Monate später stellte Camillo Kardinal Ruini, Stellvertreter Seiner Heiligkeit für die Stadt Rom, ein Haus im Stadtteil Magliana zur Verfügung: Es sollte ihr erstes Ausbildungshaus werden. Aufbauend auf der Erfahrung der Priesterbruderschaft wurden in diesen Jahren die wesentlichen Kennzeichen und Regeln der Gemeinschaft festgelegt. Man errichtete eine Schule innerhalb des Ausbildungshauses, begann mit karitativen Aktivitäten und der Zusammenarbeit mit den Priestern der Bruderschaft. Das Haus wurde umgebaut, um die jungen Frauen aufzunehmen, die aus zum Teil fernen Ländern wie Chile, Argentinien, Mexiko, den Vereinigten Staaten, Spanien und der Tschechischen Republik kamen. Pater Massimo definierte die Beziehung zwischen den Missionarinnen und der Priesterbruderschaft von Anfang an als „zwei Institute derselben Familie“, um die tiefe Gemeinschaft aufzuzeigen, die die beiden unterschiedlichen und autonomen Wirklichkeiten verbindet.
Im Jahr 2008 war Rachele Paiusco die erste Missionarin, die ein Gelübde auf Zeit über Jungfräulichkeit, Armut und Gehorsam ablegte und eine religiöse Kleidung trug. Am 25. März 2011 wurde die Gemeinschaft durch Msgr. Gino Reali als öffentliche Vereinigung von Gläubigen anerkannt. Im Jahr 2012 eröffneten die Missionare ihr erstes Missionshaus in Nairobi, Kenia, wo bereits die Priester der Bruderschaft anwesend waren. Das Leben der Gemeinschaft, das sich bis zu diesem Zeitpunkt auf Rom konzentrierte und ausschließlich dort gepflegt wurde, umfasste von nun an auch die Mission.
Von 2012 bis 2016 eröffneten die Missionarinnen ein Haus in der Region Reggio Emilia, um in den ersten Jahren die Mission von Bischof Massimo Camisasca zu begleiten und dieser zu dienen. Im Jahr 2013 ernannte Msgr. Gino Reali Rachele Paiusco zur Generaloberen der Missionarinnen des heiligen Karl Borromäus.
Im September 2015 verließen zwei Missionarinnen die Stadt, um eine neue Mission in Denver, USA, zu eröffnen.
Im Jahr 2016 zog man mit dem Ausbildungshaus und dem Hauptsitz des Instituts in ein neues Gebäude in der Via Aurelia Antica im Herzen Roms, das ihnen von der Güterverwaltung des Apostolischen Stuhls übertragen worden war. Im selben Jahr wurde aus dem Haus in Magliana ein Missionsort für die Menschen, die in dem Gebiet um die Kirche Unserer Lieben Frau vom Rosenkranz in Pompei wohnen.
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