Las Misioneras de san Carlos Borromeo nacen del deseo de algunas chicas de compartir los ideales de la Fraternidad san Carlos.
En el 2005 Rachele Paiusco se muda a Roma junto a otras compañeras para seguir a padre Massimo Camisasca y a padre Paolo Sottopietra. Empieza así la primera semilla de vida común, ritmada por una regla de oración, estudio y trabajo. En el 2005 Rachele Paiusco se muda a Roma junto a otras compañeras para seguir a padre Massimo Camisasca y a padre Paolo Sottopietra. Empieza así la primera semilla de vida común, ritmada por una regla de oración, estudio y trabajo.
El 25 de marzo del 2007, en la solemnidad de la Anunciación, la pequeña comunidad viene reconocida como asociación privada de fieles por el obispo de Porto-Santa Rufina, monseñor Gino Reali. Durante este periodo, las Misioneras son guiadas por padre Paolo Sottopietra como superior general. Pocos meses después, el cardenal Camillo Ruini, vicario de Su Santidad para la ciudad de Roma, pone a su disposición una casa en el barrio de la Magliana: será la primera Casa de formación. Son los años en los que, apoyándose en la experiencia de la Fraternidad, se definen los rasgos fundamentales y la regla de la comunidad. Toman vida la escuela interna a la Casa de formación, las caritativas y la colaboración con los sacerdotes de la Fraternidad. La casa viene reestructurada para acoger las jóvenes que llegan incluso de países lejanos como Chile, Argentina, México, Estados Unidos, España y República Checa. Padre Massimo definió inmediatamente la relación de las Misioneras con la Fraternidad san Carlos como “una familia en dos institutos” para indicar la comunión profunda que une dos realidades distintas y autónomas.
En el 2008, Rachele Paiusco es la primera entre las Misioneras que pronuncia los votos temporales de virginidad, pobreza y obediencia y que viste el hábito religioso. El 25 de marzo del 2011, monseñor Gino Reali reconoce la comunidad como asociación pública de fieles.
En el 2012, las Misioneras abren la primera casa de misión en Nairobi, capital de Kenia, donde ya están presentes los sacerdotes de la Fraternidad san Carlos. La comunidad, hasta entonces resguardada en el recogimiento de la vida en Roma se alarga a los horizontes de la misión. Del 2012 al 2016 las Misioneras abren una casa en Reggio Emilia para acompañar y servir los primeros años de la misión del obispo Massimo Camisasca.
En el 2013, monseñor Gino Reali nombra Rachele Paiusco superiora general de las Misioneras de san Carlo.
En septiembre del 2015, dos misioneras parten para abrir una nueva misión en Denver, en Estados Unidos.
En el 2016, la Casa de formación y la sede del Instituto se mudan a un nuevo inmueble, ubicado en calle Aurelia Antica, en el corazón de Roma, encomendado a ellas por la Administración del Patrimonio de la Sede Apostólica. El mismo año, la casa de la Magliana se vuelve un lugar de misión dedicado a las personas que viven en el barrio y a la iglesia contigua, el santuario de la Virgen del Rosario de Pompei.
