La Fraternidad Sacerdotal de los Misioneros de San Carlos Borromeo nace como Asociación de Fieles el 14 de septiembre de 1985. Surge de una intuición del padre Massimo Camisasca, quien fue superior general de esta comunidad hasta el 2012. En sus inicios contó con siete sacerdotes y diez seminaristas. A principios de los años 80, Camisasca, junto con un pequeño grupo de amigos sacerdotes, había pedido al Cardenal Ugo Poletti fundar una asociación sacerdotal con el fin de formar jóvenes para la misión y responder al encargo que, en septiembre de 1984, san Juan Pablo II le había hecho a Comunión y Liberación, con ocasión de la audiencia por el trigésimo aniversario del Movimiento: “Id por todo el mundo a llevar la verdad, la belleza y la paz que se encuentran en Cristo Redentor.”

Son varias las razones para la dedicación a San Carlos Borromeo de una Fraternidad explícitamente inspirada por la persona y el carisma del sacerdote Luigi Giussani. El P. Camisasca explica estas razones en el libro “Il vento di Dio” (Piemme, 2007). Además de la consciencia de “una afectuosa protección por parte de San Carlos” y de semejanzas entre el santo milanés y el P. Giussani (“la asiduidad en la oración, la incansable apertura misionera, la pasión sin medida por Cristo y la gente” y “la realidad de su carácter”), existe en los primeros integrantes “la idea de contribuir a una reforma de la Iglesia”, entendiendo por “reforma”, según lo explica Camisasca, lo que el Card. Joseph Ratzinger define como una “renovación que conduce hacia adelante, precisamente porque enseña a vivir de manera nueva los valores permanentes, teniendo presente la totalidad del acontecimiento cristiano y la totalidad de la persona humana”.

Nacen al mismo tiempo la Fraternidad y el seminario. La primera sede se ubica en Roma, en la Calle Liberiana, junto a la Basílica de Santa María la Mayor. Se trata de un ex colegio universitario llamado “Le Cappellette”. La Casa de Formación será la cuna de la forma que tomará la Fraternidad, allí verán la luz los aspectos que hoy caracterizan el método educativo de la Fraternidad: la liturgia, el canto, el cuidado del estudio, el encuentro mensual de la casa, la presencia en la universidad, las obras caritativas, el hospedaje de las personas que pasan por Roma. Desde 1996 la Casa de Formación de la Fraternidad se muda a la calle Boccea, donde hoy se encuentra. En septiembre del 2003 se abre en la Ciudad de México la sección latinoamericana del Seminario, ubicada hoy en Santiago de Chile.

En 1989 la Fraternidad es reconocida como Sociedad de Vida Apostólica de Derecho Diocesano. En los años 90 comienzan a difundirse, por Italia y el mundo, las casas de la Fraternidad, habitadas por tres o más sacerdotes que viven en comunión según el espíritu y la regla de la Casa Madre. Afirma el P. Massimo: “Desde el inicio, la idea de la misión ya estaba estrechamente ligada a la idea de la casa”; se opone a la idea de enviar sacerdotes individualmente para así responder a un mayor número de exigencias y multiplicar la presencia de la Fraternidad en el mundo, como muchos le sugerían. “Me había convencido la experiencia del Grupo Adulto que había visto surgir y, aún más profundamente, la enseñanza del P. Giussani sobre la comunión como compañía guiada”. El 19 de marzo de 1999, San Juan Pablo II reconoce a la Fraternidad como Sociedad de Vida Apostólica de Derecho Pontificio.

El 29 de septiembre de 2012, S.S. Benedicto XVI nombró a Mons. Massimo Camisasca Obispo de Reggio Emilia- Guastalla. El 1º de febrero de 2013 la Asamblea General eligió al P. Paolo Sottopietra como Superior de la Fraternidad de San Carlos.