La presencia de la casa de San Carlos en Bolonia comienza en septiembre del 2006, cuando el Card. Carlo Caffarra, amigo personal del Mons. Camisasca, pide a la Fraternidad abrir una casa en la capital Emiliana. Simultáneamente, el movimiento de CL espera la presencia de sacerdotes que puedan acompañar la vida de la comunidad local. En octubre del 2007, el cardenal le encomienda a la Fraternidad la parroquia de San Isaías que se encuentra en el centro y es una de las más antiguas de la ciudad. En su demarcación, se sitúan la importante Basílica de San Francisco y la correccional para menores de “Pratello”. Es numerosa la presencia de estudiantes universitarios que viven y estudian en la zona. Los sacerdotes de la Fraternidad encuentran alojamiento en la casa canónica situada a lado de la iglesia. Los locales parroquiales que son completamente restructurados en 2011, desde el principio albergan también a las actividades de los grupos juveniles, continuadas por los misioneros, quienes se emplean en el mundo de la escuela, y ofrecen asistencia espiritual a los enfermos en algunas áreas del Poloclínico Universitario de “Santa Orsola-Malpighi”.