La presencia de la Fraternidad en España comienza en 1996, cuando el Obispo, Mons. Francisco Pérez y Fernández Golfín, encomienda a los misioneros la responsabilidad de la Parroquia San Juan Bautista en Fuenlabrada, un barrio enorme y con poca infraestructura. La primera misión de los sacerdotes, responsables de una parroquia que cuenta con más de 40,000 habitantes y de la capilla de la facultad de Pedagogía de Madrid, consiste en la comunicación elemental de las bases de la fe. De la iniciativa de algunos parroquianos, nace una asociación, dedicada a San Ricardo Pampuri, para promover diferentes proyectos sociales y de caridad. Entre las iniciativas: Los Talleres Encuentro, una oferta cultural y artística dirigida, sobre todo, a las mujeres del barrio; Scholé, una experiencia de ayuda al estudio para los chicos; la Casa de San Antonio, una red de casas para albergar a personas en situación extrema de pobreza; la colaboración con Encuentro Madrid, el evento promovido por el movimiento de CL. Con los años, la Fraternidad asume nuevas responsabilidades: una parroquia en Alcorcón, la capellanía de la Facultad de Arquitectura de Madrid, la asistencia espiritual en el Hospital de Móstoles, la enseñanza en diversas escuelas públicas y en el Colegio Internacional Kolbe de Villanueva de la Cañada.