La misión en Siberia, que inicia inmediatamente después de la caída del muro de Berlín, señala una etapa importante en el crecimiento de la Fraternidad. Los primeros misioneros que llegan a Novosibirsk encuentran lo que quedó de las comunidades cristianas de origen alemán presentes en la planicie al sur de la capital, atraversada por la calle que lleva a Kazakhstan. Son, sobre todo, ancianas, viejos y niños; un pueblo que durante 60 años no vio sacerdotes y custodió la flama de la fe en los tiempos severos de la persecución. Hoy la misión continúa cuidando las comunidades católicas de la parroquias del Sagrado Corazón de Palavinnoje y de la Resurección de Krasnozërskoe. Los sacerdotes tienen, además, la responsabilidad de las parroquias de San José en Berdsk y San Agustín en Akademgorodok, en donde se encuentra la universidad.