San Bernardo es otra comuna de Santiago de Chile. Aquí se encuentra la parroquia del Divino Maestro que tiene cuatro capillas, cada una con su propia comunidad: María de los Ángeles, Divina Providencia, Cristo Rey, Nuestra Señora de Lourdes. En la calle que atraviesa en vertical la zona sur de la capital, está el santuario dedicado a Nuestra Señora de la Victoria, el templo parroquial, y entre estos, la casa de los sacerdotes de San Carlos. Se trata de un barrio pobre, sobre todo habitado por emigrantes, para quienes la Iglesia católica es una presencia respetada y amada. La desición de abrir una casa de la Fraternidad, a poca distancia de la que ya existe en Puente Alto, nace de la invitación del Obispo local, Juan Ignacio González Errázuriz. Entre los trabajos más significativos de la misión: el encargo de capellán de Edudown (una fundación no lucrativa que se ocupa en ayudar a las familias con bebés y chicos con síndrome de Down), el aprovechamiento del comedor de solidaridad para los pobres, la escuela de comunidad para los adultos del movimiento de CL y, sobre todo, la propuesta de un camino para los jóvenes.

Al fondo de la Cordillera de los Andes, se encuentra Puente Alto, una comuna en el Sector suroriente de la urbanización metropolitana de Santiago. La parroquia Beato Pedro Bonilli – la cual fue encomendada a la Fraternidad por el, entonces, Obispo de Santiago, el Card. Francisco Javier Errazuriz – refleja las características de un país lleno de contrastes, donde el 70% de los habitantes se dice ser católico y sin embargo van en aumento los grupos evangélicos, mormones y otras sectas. En un barrio lleno de niños y muchachos, la misión se caracteriza por iniciativas educativas: la catequesis para la primera comunión, que no sólo involucra a los niños sino también los padres; las vacaciones con los jóvenes, las misiones (una experiencia característica del catolisismo chileno). Además, los sacerdotes están implicados en la enseñanza y el acompañamiento de los estudiantes universitarios. Pero, también están los adultos y las familias: a ellos es dirigida gran parte de la vida en la parroquia, las iniciativas culturales, la pastoral social de asistencia para los pobres y los necesitados.

La casa de formación abre sus puertas en Santiago de Chile el 4 de noviembre del 2009, en la zona “Ciudad del Este”, donde los sacerdotes de la Fraternidad ya se ocupan de la parroquia Pedro Bonilli de Puente Alto y de otras tareas pastorales que tienen que ver con la vida de Comunión y Liberación. El seminario había nacido en el año 2002, en la Ciudad de México, para recibir, cobijar y auxiliar a las vocaciones de la Fraternidad surgidas en América Latina, pero en años posteriores eran menos las condiciones para mantenerlo en México. Así se pensó como nueva sede en la opción de Chile, un país caracterizado por una discreta estabilidad económica e institucional, en donde la Fraternidad había llegado en el 2006, y particularmente en Santiago, centro de la vida cultural y universitaria. La casa no es sólo la sede de los primeros años del seminario, sino un lugar que ofrece una formación completa, también abierta a seminaristas enviados de Italia para constituir una comunidad más amplia y tener la posibilidad de formar sacerdotes ya insertados en un ambiente cultural latino-americano. En junio de 2011 es inagurado el nuevo seminario en Camino el Olivar, en la Comuna de Las Condes. El 19 de diciembre de 2015 se realizaron las primeras ordenaciones fuera de Italia.