La Fraternità sacerdotale dei missionari di san Carlo Borromeo nasce il 14 settembre 1985 come Associazione di Fedeli su un’intuizione di don Massimo Camisasca, che ne sarà il superiore generale dalla nascita fino al 2012. All’inizio la Fraternità conta sette preti e dieci seminaristi. Nei primi anni ’80, Camisasca insieme a un piccolo gruppo di amici sacerdoti, aveva chiesto al cardinale Ugo Poletti di poter fondare una associazione sacerdotale, per formare dei giovani alla missione e per rispondere al mandato che, nel settembre 1984, Giovanni Paolo II aveva consegnato a Comunione e liberazione, in occasione dell’udienza per il trentennale della nascita del movimento: «Andate in tutto il mondo» aveva detto il Papa «a portare la verità, la bellezza e la pace che si incontrano in Cristo Redentore».
Sono molteplici le ragioni della dedica a san Carlo Borromeo di una Fraternità esplicitamente ispirata dalla persona e dal carisma di don Giussani. Camisasca le spiega nel volume Il vento di Dio (Piemme, 2007). Oltre alla consapevolezza di «un’affettuosa protezione da parte di san Carlo», alle similitudini tra il santo milanese e don Giussani («la continuità della preghiera, l’instancabile apertura missionaria, la passione sconfinata per Cristo e per la gente», «la concretezza del temperamento»), c’è nei primi «l’idea di contribuire a una riforma della Chiesa». Per riforma – spiega Camisasca – si intende qualcosa di simile a quello che il cardinale Joseph Ratzinger definisce «un rinnovamento che conduce in avanti, proprio perché insegna a vivere in modo nuovo i valori permanenti tenendo presente la totalità del fatto cristiano e la totalità dell’uomo».
Insieme alla Fraternità, nasce il seminario. La prima sede è a Roma, in via Liberiana, accanto alla basilica di Santa Maria Maggiore. Si tratta di un ex-pensionato universitario chiamato «le Cappellette». La casa di formazione sarà l’incubatrice della forma che prenderà la Fraternità. Vedranno la luce i gesti che ancora oggi caratterizzano il metodo educativo della Fraternità: «la liturgia, il canto, la cura dello studio», l’incontro mensile della casa, la presenza in università, le caritative, l’ospitalità delle persone che passano da Roma. Dal 1996, la Fraternità si trasferisce in via Boccea dove si trova ancora oggi. Nel settembre 2003, aprirà a Città del Messico la sezione latino-americana del seminario, che oggi si trova a Santiago del Cile.
Nel 1989 la Fraternità viene riconosciuta come Società di vita apostolica di diritto diocesano. Gli anni Novanta sono anche il momento in cui iniziano a diffondersi, in Italia e nel mondo, le case della Fraternità, abitate da tre o più preti che vivono la comunione secondo lo spirito e la regola della casa madre. «Fin dall’inizio» dirà don Massimo «l’idea di missione era strettamente congiunta con l’idea di casa». Di fronte ai tanti che gli chiedono di mandare i preti singolarmente, in modo da rispondere ad un maggior numero di esigenze, per moltiplicare la presenza della Fraternità nel mondo, lui si oppone. «Mi aveva convinto l’esperienza del Gruppo Adulto che avevo visto sorgere e, più profondamente ancora, l’insegnamento di don Giussani sulla comunione come compagnia guidata». Il 19 marzo 1999, Giovanni Paolo II riconosce la Fraternità come Società di vita apostolica di diritto pontificio.
Il 29 settembre 2012 Sua Santità Benedetto XVI ha nominato mons. Massimo Camisasca Vescovo di Reggio Emilia-Guastalla. L’ 1 febbraio 2013 l’assemblea generale ha eletto don Paolo Sottopietra superiore della Fraternità san Carlo.