La presenza della Fraternità san Carlo a Bologna inizia nel settembre del 2006 con una casa in via Sant’Isaia. Era stato il cardinal Carlo Caffarra, amico fraterno di mons. Camisasca dai tempi in cui avevano condiviso la responsabilità del Pontifico Istituto Giovanni Paolo II per studi su Matrimonio e Famiglia, a chiedere alla Fraternità di aprire una casa nel capoluogo emiliano. Contestualmente, il movimento di Cl desiderava dei sacerdoti che potessero accompagnare la vita della comunità locale. Così i nostri sacerdoti, sostenuti dall’accoglienza del cardinale, si immergono nel mondo della scuola come insegnanti di religione, sia presso le scuole paritarie Malpighi che presso i licei statali.

Nell’ottobre 2007, il cardinale Caffarra affida alla Fraternità la parrocchia di sant’Isaia. Situata nel centro storico, a pochi passi dalle scuole Malpighi, è una delle parrocchie più antiche della città. Sul suo territorio, si trovano l’importante basilica di san Francesco e il carcere minorile del Pratello. Numerosa è la presenza di universitari, a causa della vicinanza alle sedi del Dams e della facoltà di Ingegneria. In zona si trovano il collegio universitario femminile gestito dalle suore Canossiane e la residenza universitaria maschile dell’Opus Dei. I sacerdoti trovano alloggio nella canonica situata a fianco della chiesa, in via De Marchi. I locali parrocchiali, che verranno completamente ristrutturati nel 2011, ospitano fin da subito anche le attività dei gruppi giovanili seguiti dai sacerdoti della Fraternità.

Oltre alle attività della parrocchia e all’insegnamento nelle scuole, i sacerdoti della Fraternità si occupano della comunità degli universitari di Comunione e liberazione e dell’assistenza spirituale dei malati in alcuni reparti del Policlinico universitario Sant’Orsola-Malpighi.