La presenza stabile della Fraternità san Carlo in Spagna comincia nel 1996, quando il vescovo della neonata diocesi di Getafe, mons. Francisco Pérez y Fernández Golfín, affida a don Julián de la Morena la responsabilità della Parroquia San Juan Bautista a Fuenlabrada. Don Julián, insieme ad altri sacerdoti delle diocesi di Madrid e Getafe, aveva chiesto al vescovo di poter entrare a fare parte della Fraternità san Carlo. Nel frattempo, alcuni seminaristi spagnoli avevano già cominciato il loro cammino di preparazione nel seminario della Fraternità a Roma.
Don Julián viene trasferito da Móstoles dove, in quegli anni, era nata una comunità del movimento, e affiancato per i primi anni da un sacerdote diocesano amico della Fraternità, don Ignacio López. La parrocchia si trova in un grande quartiere, abbastanza periferico e con poche infrastrutture. Vi abitano molte persone che versano in condizioni difficili. L’inizio della missione coincide con l’arrivo nel quartiere di una presenza cristiana. Le possibilità che si intravvedono sono enormi: in quegli anni, Fuenlabrada ha il tasso di giovani più alto di tutta Europa. In pochi anni, la città è passata da 25mila a 200mila abitanti. La parrocchia, che dal 2000 sarà divisa in due, comprende circa 40mila abitanti.
La prima grande missione dei sacerdoti consiste nell’incontro personale e nella comunicazione elementare delle basi della fede. Dopo meno di un anno dall’arrivo della Fraternità, il 24 giugno 1997, la parrocchia può festeggiare per la prima volta il patrono, san Juan Bautista, con una messa celebrata dal vescovo locale. E’ il momento in cui si riallacciano i rapporti interrotti tra la comunità parrocchiale e la diocesi.
Il 18 ottobre 1998 viene benedetta e installata sulla facciata principale della chiesa una grande croce, il primo segno pubblicamente cristiano in una zona che, fino a quel momento, non aveva accolto con entusiasmo la costruzione della parrocchia. Su iniziativa di alcuni parrocchiani, nasce presto l’idea di creare un’associazione che consenta di mettere in moto diversi progetti sociali e di carità, per offrire una compagnia più concreta alle persone del quartiere. Ancora oggi la parrocchia, molto vivace e frequentata, è un punto di aggregazione per molti bambini, giovani e famiglie del quartiere e del circondario.
Fra le varie iniziative, si possono menzionare i Talleres Encuentro, un’offerta culturale e artistica diretta soprattutto alle donne sole del quartiere. Nel 2005 nasce la proposta dell’aiuto gratuito allo studio per i ragazzi.
Negli anni, la Fraternità san Carlo ha assunto anche la responsabilità di una parrocchia ad Alcorcón, della cappellania nella facoltà di Architettura di Madrid, dell’assistenza spirituale nell’ospedale di Móstoles e dell’insegnamento, in diverse scuole pubbliche di Fuenlabrada e nel Colegio Internacional Kolbe di Villanueva de la Cañada. Su richiesta del vescovo, in questi anni i sacerdoti hanno aiutato stabilmente, per periodi più o meno lunghi, altre parrocchie della zona (Móstoles e Fuenlabrada), insegnando anche alcune discipline nel centro diocesano di Teologia. Attualmente sono due le parrocchie affidate alla Fraternità a Fuenlabrada, San Juan Bautista e San Benito Menni.
Oggi a Fuenlabrada sono presenti don Giuseppe Cassina, don Francesco Montini, don Stefano Motta e don Tommaso Pedroli.
