Don Massimo Camisasca ha sempre concepito il governo della Fraternità come una realtà assolutamente collegiale, dove autorità e amicizia sono strettamente intrecciate. Per questo motivo, coloro che compongono il Consiglio Generale della Fraternità san Carlo vivono e lavorano insieme tra i lunghi corridoi di via Boccea a Roma.
Partecipano al Consiglio Generale della Fraternità san Carlo: don Paolo Sottopietra, superiore generale; don Emmanuele Silanos, vicario generale e delegato per l’Italia; don Stefano Tenti, economo generale; don Andrea D’Auria, professore di Diritto Canonico alla Pontificia Università Urbaniana e delegato per l’Europa; don Francesco Ferrari, rettore del seminario.
Sempre in via Boccea vivono altri sacerdoti che lavorano per il Centro della Fraternità: don Giovanni Fasani, segretario generale, don Filippo Pellini e don Francesco Babbi, rispettivamente impegnati nella segreteria e nell’economato.

La Magliana è un quartiere a sud-ovest di Roma e la parrocchia di Santa Maria del Rosario di Pompei è stata affidata alla Fraternità san Carlo già nel 1997, quando divenne parroco don Gianalessandro Bonicalzi. All’epoca, i nostri missionari vivevano nella vecchia chiesa parrocchiale, in piazza Madonna di Pompei, oggi curata dalle Missionarie di san Carlo.
Numerosi sacerdoti e diaconi della Fraternità si sono avvicendati nella parrocchia della Magliana. Tra gli altri, ricordiamo l’irlandese don Gerard McCarthy, che è stato parroco dal 1998 al 2012 e don Maurizio Pirola, capocasa fino al 2017. La nuova chiesa denominata Santa Maria del Rosario ai Martiri Portuensi è stata costruita su progetto dell’architetto Pietro Sanpaolo e consacrata da Benedetto XVI il 16 dicembre 2007. Sorge sul luogo dove, nel novembre 1998, Giovanni Paolo II aveva celebrato la messa in occasione della visita alla parrocchia.
Dal 2013 il parroco è don Paolo Desandrè, arrivato alla Magliana nel 2005. Oltre a don Paolo, la missione della Fraternità san Carlo è composta da altri quattro sacerdoti: don Dino Goretti, don Gerard McCarthy, don Michele Lugli, don Philip Stokman.

La presenza delle Missionarie di san Carlo nel quartiere della Magliana è di grande aiuto alla missione dei sacerdoti. Durante tutto l’anno, i sacerdoti e le missionarie sono impegnati in differenti opere educative come il doposcuola, il catechismo per i bambini, la preparazione alla Cresima, il gruppo medie “La Compagnia di san Paolo”, Gioventù studentesca, il centro estivo e l’assistenza alle famiglie povere del quartiere.

Dal 2003, parroco di Santa Maria in Domnica, chiamata dai romani «la Navicella», a due passi dal Colosseo, è don Sergio Ghio, sacerdote dal 1998. Don Sergio insegna Religione. In casa con lui vivono Matteo Stoduto dal 2003 rettore dell’Istituto S. Orsola,e  don Lorenzo Di Pietro, viceparroco e insegnante di Religione.

I sacerdoti vivono la loro missione nel centro di Roma, impegnati in particolare con i giovani che frequentano “Il Centro” di via delle Sette Sale, un vecchio oratorio salesiano affidato nel 2000 alla Fraternità san Carlo. Il Centro è una proposta educativa, un luogo che abbraccia tutta la vita nella diversità delle condizioni. Innestato sul carisma di don Giussani, ha visto nascere attorno a sé realtà come Gioventù studentesca per i ragazzi delle superiori, le Stelle di san Lorenzo per i bambini delle elementari e la Barca di Pietro per i ragazzi delle scuole medie. Insieme ai sacerdoti della san Carlo, vive anche Giovanni Maria Locatelli, padre di don Lorenzo Locatelli, missionario in Cile.

L’antichissima parrocchia di Sant’Eusebio, nel quartiere Esquilino a Roma, si situa nell’angolo nord della grande piazza Vittorio. Fra le più antiche della cristianità, fu fondata nel IV secolo sui ruderi della casa di Eusebio, patrizio romano, prete, torturato e condannato a morire di fame nel 357 da Costanzo II perché confessore del simbolo della fede di Atanasio. La casa, dopo la sua morte, fu trasformata in «titulus» e consacrata da papa Liberio (352-366). Dopo numerosi restauri e rimaneggiamenti nei secoli successivi, l’edificio raggiunge l’aspetto attuale durante il Settecento.
Il territorio della parrocchia, di cui è responsabile dal 2009 don Sandro Bonicalzi, comprende parte del quartiere Esquilino, uno dei rioni storici della capitale. Zona di forte immigrazione, è caratterizzata da un crescente sovraffollamento e da un certo degrado sociale. Tra le sfide attuali, la possibilità di coesistenza dei residenti italiani con le etnie presenti, in particolare la bengalese e la cinese, le cui attività commerciali costellano le vie del quartiere.
Della parrocchia si occupano don Sandro e il viceparroco, don Paolo Buscaroli, sacerdote romagnolo che, dopo anni di missione in Paraguay, è di nuovo al servizio delle “periferie esistenziali” del centro di Roma e insegnante di religione. Anche don Massimiliano Boiardi vive a Sant’Eusebio, ma il suo lavoro si svolge Oltretevere, presso la Santa Sede.
Ascritto alla casa di Roma sant’Eusebio c’è don Mario Grignani, professore di Storia della Chiesa presso le Pontificie Università Urbaniana e Gregoriana.
Nell’autunno del 2021 arriva in parrocchia don Maurizio Pirola, che assume l’incarico di parroco.